Основная цель деятельности Профсоюза — представительство и защита индивидуальных, коллективных социально-трудовых, профессиональных, экономических и иных прав и интересов работников здравоохранения.
Профсоюз независим от органов исполнительной власти и местного самоуправления, работодателей, их объединений, политических партий и других общественных объединений, не подотчетен им и неподконтролен. Взаимоотношения с ними строит на основе социального партнерства, диалога и сотрудничества.
Профсоюз работников здравоохранения Российской Федерации является членской организацией:
- С 1990 года Союза "Объединение организаций профсоюзов Республики Бурятия"
- С 1990 года Центрального Комитета Профсоюза работников здравоохранения РФ